根據(jù)日本《海關(guān)法》規(guī)定，一般情況下，應(yīng)將進(jìn)出口貨物運(yùn)入保稅區(qū)域后，再向海關(guān)申報(bào)。海關(guān)接到進(jìn)口申報(bào)后，進(jìn)行單證審查和必要的貨物查驗(yàn)，有稅貨物原則上待企業(yè)繳納關(guān)稅等稅金后,海關(guān)予以放行,企業(yè)方能提貨。

在日本清關(guān)過(guò)程中，不可避免會(huì)產(chǎn)生海關(guān)查驗(yàn)等情況，如產(chǎn)生查驗(yàn)，必然會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生查驗(yàn)相關(guān)的額外費(fèi)用，現(xiàn)將日本清關(guān)額外費(fèi)用作出說(shuō)明，日本海關(guān)除征收關(guān)稅及國(guó)內(nèi)消費(fèi)稅等外，還會(huì)收取海關(guān)監(jiān)管場(chǎng)所外貨物查驗(yàn)費(fèi)：

1、一般情況按每小時(shí)5000日元收取，如使用“NACCS”單一窗口提交申請(qǐng)的則每小時(shí)收取4700日元。

2、根據(jù)關(guān)稅法規(guī)定，海關(guān)在出具證明書和對(duì)經(jīng)許可的保稅倉(cāng)庫(kù)、保稅工廠、綜合保稅區(qū)等也按月收取手續(xù)費(fèi)。

3、由動(dòng)植物檢疫所出具的證明等時(shí)不收取手續(xù)費(fèi)。

另外再通關(guān)過(guò)程中，如發(fā)生報(bào)關(guān)代理費(fèi)、理貨費(fèi)等具體如下：

1、報(bào)關(guān)、報(bào)檢代理費(fèi)
    在2017年10月以前，日本海關(guān)對(duì)通關(guān)業(yè)者等代理報(bào)關(guān)的各種費(fèi)用公布有一個(gè)最高金額限額表，但考慮到此做法不利于企業(yè)的公平競(jìng)爭(zhēng)，財(cái)務(wù)省于2017年10月的大通關(guān)改革中已予以廢止，之后的代理報(bào)關(guān)費(fèi)用等由各通關(guān)業(yè)者等自行確定。因此，包括報(bào)檢費(fèi)用在內(nèi)，各個(gè)代理企業(yè)的具體收費(fèi)都是不一樣的。如進(jìn)出口的量較大，可在自定的收費(fèi)金額基礎(chǔ)上實(shí)施優(yōu)惠。在向某企業(yè)咨詢中了解到，雖然海關(guān)的最高限價(jià)取消了，但目前各代理企業(yè)自定的價(jià)格仍然與最高限價(jià)相差不大。其收取的報(bào)檢代理費(fèi)大約在3000-5000日元之間。
2、消毒費(fèi)
    實(shí)施消毒有2種方法，一是熱處理，二是熏蒸。目前，日本全國(guó)植物檢疫協(xié)會(huì)（一般社團(tuán)法人）下經(jīng)認(rèn)定的消毒企業(yè)300多家，其中熏蒸企業(yè)25家，熱處理企業(yè)312家。由于企業(yè)不同，價(jià)格會(huì)有一定差異，但相差不會(huì)太大。消毒、熏蒸的方法、貨物不同，其價(jià)格也不盡相同。