據日本《關稅法》規定，進口申報可由貨物的進口人進行，也可委托經海關批準的通關業者(相當于報關行)辦理,日本的通關業者可以是法人，也可以是個人。同時，日本《通關業法》也規定，通關業者的主要業務是接受委托，代理辦理向海關申報等通關手續；代理交納進出貨物各種稅費等；代理辦理關稅的更正、退還申請、關稅的減免等手續；代理提出行政申訴和復議等。目前，企業為節省時間、減輕雇用專業人員成本、提高效率，多委托通關業者向海關申報，辦理通關手續。

日本進口清關，海關根據需要會對進口貨物進行查驗，查驗會產生查驗費用，一般按企業屬性分為如下4種：

1)一般情況按每小時5000日元收取，

2)如使用“NACCS”單一窗口提交申請的則每小時收取4700日元。

3)海關在出具證明書和對經許可的保稅倉庫、保稅工廠、綜合保稅區等也按月收取手續費

4)由動植物檢疫所出具的證明等時不收取手續費