根據(jù)日本《海關(guān)法》規(guī)定，一般情況下，應將進出口貨物運入保稅區(qū)域后，再向海關(guān)申報。海關(guān)接到進口申報后，進行單證審查和必要的貨物查驗，有稅貨物原則上待企業(yè)繳納關(guān)稅等稅金后,海關(guān)予以放行,企業(yè)方能提貨。

在日本清關(guān)過程中，不可避免會產(chǎn)生海關(guān)查驗等情況，如產(chǎn)生查驗，必然會導致產(chǎn)生查驗相關(guān)的額外費用，現(xiàn)將日本清關(guān)額外費用作出說明，日本海關(guān)除征收關(guān)稅及國內(nèi)消費稅等外，還會收取海關(guān)監(jiān)管場所外貨物查驗費：

1、一般情況按每小時5000日元收取，如使用“NACCS”單一窗口提交申請的則每小時收取4700日元。

2、根據(jù)關(guān)稅法規(guī)定，海關(guān)在出具證明書和對經(jīng)許可的保稅倉庫、保稅工廠、綜合保稅區(qū)等也按月收取手續(xù)費。

3、由動植物檢疫所出具的證明等時不收取手續(xù)費。

另外再通關(guān)過程中，如發(fā)生報關(guān)代理費、理貨費等具體如下：

1、報關(guān)、報檢代理費
    在2017年10月以前，日本海關(guān)對通關(guān)業(yè)者等代理報關(guān)的各種費用公布有一個最高金額限額表，但考慮到此做法不利于企業(yè)的公平競爭，財務省于2017年10月的大通關(guān)改革中已予以廢止，之后的代理報關(guān)費用等由各通關(guān)業(yè)者等自行確定。因此，包括報檢費用在內(nèi)，各個代理企業(yè)的具體收費都是不一樣的。如進出口的量較大，可在自定的收費金額基礎(chǔ)上實施優(yōu)惠。在向某企業(yè)咨詢中了解到，雖然海關(guān)的最高限價取消了，但目前各代理企業(yè)自定的價格仍然與最高限價相差不大。其收取的報檢代理費大約在3000-5000日元之間。
2、消毒費
    實施消毒有2種方法，一是熱處理，二是熏蒸。目前，日本全國植物檢疫協(xié)會（一般社團法人）下經(jīng)認定的消毒企業(yè)300多家，其中熏蒸企業(yè)25家，熱處理企業(yè)312家。由于企業(yè)不同，價格會有一定差異，但相差不會太大。消毒、熏蒸的方法、貨物不同，其價格也不盡相同。